Çocuk ne kadar küçük olursa, sünnetin sağlığa zararları daha fazla olacaktır. Sünnet, çocuklukta (özellikle de bebeklikte) yapıldığında çok daha zararlıdır.
Sünnet derisinin bebeğe bez bağlandığı bu dönemdeki işlevi , penisi tahrişten ve yaralanmalardan korumaktır. Sünnet derisi glansı idrardan ve dışkıdan korumak için cinsel organa yapışık durumdadır. Sağlam (sünnetsiz) bir çocuğun idrar yolları iltihabı sorununu yaşama olasılığının, sakatlanmış (sünnetli) bir çocuğa göre daha düşük olduğu biliniyor. Eğer sünnet derisi sünnet ile kesilirse, idrar yolları, enfeksiyona daha açık hâle gelir.
Çocuk ne kadar küçük olursa, travmadan zarar görme o kadar fazla olacaktır. Anatomi çalışmaları, sinir hücrelerindeki kimyasal değişiklikler ve bebeklerin davranışları konusundaki çalışmalar, bebeklerin acıyı yetişkinlerden daha fazla hissettiklerini kanıtlamıştır. Biliminsanları bir bebeğin beynini sünnet sırasında takip ettiler. Sünnetin bebekte o kadar acıya yol açtığı anlaşıldı ki, beyninde kalıcı değişiklikler oldu. Devam eden gün, hafta ve aylarda da beyin taramalarına devam ettiler ve buldular ki, beyin hiçbir zaman eski haline dönmüyordu. Bazı bebekler o kadar acı çekerler ki nefesleri kesilir. Diğerleri çığlık atmayı bırakır ve şoka girerler. Çünkü küçücük vücutları bu dayanılmaz acıyla nasıl başa çıkılabileceğini bilmemektedir.
Bebekte henüz penis başı gelişmemiştir, penis başı ay yüzeyindeki gibi kraterlerle doludur. Ayrıca bebeklikte frenulumu keserler ki burası erojen bir bölgedir. Burayı kesmezlerse penis aşağıya bakacak şekilde büyür. Yine bebeklikte mukozayı da keserler, çünkü kesilmezse striktür gelişir.
Sünnetin erken yaşta yapılması son derece zararlıdır. Vücut penis başını korumaya programlanmıştır. Bu yaşlarda yapılan sünnetlerde çok fazla adezyon parafimozis ve darlık oluşmakta, revizyon ameliyatları gerektirmektedir. Bu komplikasyonları önlemek için daha fazla cilt ve mukoza çıkarılmaktadır. Bu da penisin doğal gelişini engellemektedir.
Her normal insan sünnet derisi ile doğar. Sünnet derisi kadınlarda klitorisi korur, erkeklerde ise penisi. Sünnet derisi, insan cinsel anatomisinin önemli bir parçası olarak işlev görür. Göz kapakları gözleri nasıl korursa, sünnet deriside cinsel organı korur.
